มหาวิทยาลัยราชภัฏนครปฐมได้ให้ความสำคัญในเรื่องของคุณธรรม ความโปร่งใส และการดำเนินงานตามหลักธรรมาภิบาล อันประกอบไปด้วย หลักนิติธรรม หลักความโปร่งใส หลักการมีส่วนร่วม หลักความรับผิดชอบ และหลักความคุ้มค่า มหาวิทยาลัยจึงได้เข้ารับการประเมินคุณธรรมและความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ (Integrity and Transparency Assessment : ITA) ในปีงบประมาณ พ.ศ. 2564 มหาวิทยาลัยราชภัฏนครปฐมได้คะแนน 72.45 คะแนน จากคะแนนเต็ม 100 คะแนน อยู่ในระดับ C